益生菌（英語：Probiotics）是指一般認為食入後對宿主（如動物或人類）有正面效益的食入性微生物。
在醫學上，目前科學證據無法顯示益生菌的使用有助於改善免疫系統、改善腸道健康、緩解便秘及預防感冒等健康支持作用，美國聯邦貿易委員會也不允許這類宣稱療效的廣告。英國國民保健署也不認為這些宣稱的療效有足夠的證據。
益生菌一般來說是安全的，但在極少數個案中可能造成細菌-宿主交互作用及不良反應。
有研究人员认为若在抗生素治疗后服用益生菌会阻碍肠道微生物组的恢复。
定義
益生菌（Probiotics），源於希臘語「for life」（對生命有益），中文譯為「益生菌」或「原生保健性菌種」；而益生菌主要是指乳酸菌和部分酵母菌。
歷史
根據歷史記載，人類最早食用的益生菌來自於優酪乳。早在西元前3000多年前，居住在土耳其高原的古代遊牧民族就已經製作和飲用優酪乳。最初的優酪乳可能起源於偶然。那時的存放方法落後，羊奶時常會變質，這是由於不良細菌污染羊奶，但是有一次空氣中優酪乳的乳酸菌偶然進入羊奶，這些益菌使羊奶發生類似於腸胃道內的變化，變得更為酸甜適口，這就是最早的酸奶。
西元前2000多年前，在希臘東北部和保加利亞地區生息的古代色雷斯人也掌握製作優酪乳的技術。他們最初使用的也是羊奶。後來，優酪乳技術被古希臘人傳到歐洲的其他地方。
20世紀初，俄國科學家伊利亞·梅契尼可夫（Élie Metchnikoff）在研究保加利亞人為何長壽者較多時，發現這些長壽者都愛喝優酪乳，而提出發酵後的乳類中所含的乳酸菌對人體健康有益的理論。
梅契尼可夫的研究成果使一位西班牙商人艾薩克·卡拉索受到啟發，於1919年建立優酪乳製造廠（現今的達能集團），把優酪乳當作一種具有藥物作用的「長壽飲料」放在藥房銷售。
益生菌的食物
益生元，又稱益生質、益菌生，就是益生菌的食物，通常是人類所不能消化，但是細菌卻可以從中提取養分（或者是促進生長的環境也算），益生質能夠促進腸胃道益生菌的繁衍。
常見菌種
一般所稱「乳酸菌」是指能利用碳水化合物進行發酵生產多量乳酸之細菌總稱，為一相當龐雜的菌群，近年來經由科技及分子生物學的不斷發展，目前普遍認為的乳酸菌已由早期的4個屬(genus)再細分及擴充為17個屬273個種(species)：
- 腸球菌屬（Enterococcus）
- 乳桿菌屬（Lactobacillus）
- 芽孢桿菌屬（Bacillus）
- 梭菌屬（Clostridium）
- 乳酸球菌屬（Lactococcus lactis）
- 明串球菌屬（Leuconostoc）
- 足球菌屬（Pediococcus）
- 肉品桿菌屬（Carnobacterium）
- 徘徊球菌屬（Vagococcus）
- 四體球菌屬（Tetragenococcus）
- 雙歧桿菌屬（Bifidobacterium）
- 阿托波菌屬（Atopobium）
- 魏斯氏菌屬（Weissella）
- 貧養菌屬（Abiotrophia）
- 顆粒鏈菌屬（Granulicatella）
- 酒球菌屬（Oenococcus）
- 副乳桿菌屬（Paralactobacillus）
此外，益生菌还包括酵母属（Saccharomyces）的布拉酵母菌种（Saccharomyces boulardii）。
腸球菌屬
- Enterococcus faecalis －糞腸球菌。
- Enterococcus faecium －屎腸球菌。
- 由於腸球菌被發現許多的抗藥性風險，因此不被認為是一般公認安全（GRAS）的菌種，世界衛生組織不建議作為益生菌使用，歐洲食品安全局（EFSA）也認為腸球菌並非屬於合格認定安全（QPS）的菌種，目前歐盟已禁止將腸球菌添加於食品，僅限用於禽畜之飼料使用。美國食品藥品監督管理局的乳製品指導方針草案也不建議將腸球菌作為益生菌使用。
乳酸桿菌屬
- Lactobacillus acidophilus －嗜酸乳桿菌，簡稱A菌。主要定居在小腸，是小腸內數量最多的細菌，在陰道壁、子宮頸和尿道都有它的蹤跡。能稍微降低膽固醇（4%）、疑似免疫調節及降低念珠菌屬陰道炎的感染等。
- Lactobacillus brevis －短乳桿菌，人嘴、老鼠尾巴及腸道可發現其存在，亦存在牛奶與起司中。能抑制腸道致病菌、維持消化道機能、促進食慾及免疫調節。
- Lactobacillus casei －乾酪乳桿菌，簡稱C菌。相當耐酸，能有效地通過胃酸膽鹼的考驗，而有規模地進入腸道定殖。
- L. delbrueckii subsp. bulgaricus －保加利亞乳桿菌，是德式乳酸桿菌的一個亞種，被廣泛應用在酸奶製作的過程中。疑似具有調節胃腸道健康、促進消化吸收、增加免疫功能等功效。
- Lactobacillus johnsonii －約氏乳桿菌，簡稱LJ菌。
- Lactobacillus paracasei －副乾酪乳桿菌，簡稱LP菌。耐胃酸及膽鹽，在腸道中定殖效果良好。能促進體內Th1細胞激素分泌，抑制Th2細胞所造成的敏感免疫反應，達到免疫系統平衡。對於異位性皮膚炎等過敏症狀可能有療效。
- Lactobacillus reuteri －洛德乳桿菌，簡稱R菌。是少數在成人與嬰兒體內皆可發現到的乳酸菌之一，可幫助寶寶腸道細胞的生長，促進益菌繁殖。
- Lactobacillus rhamnosus －鼠李糖乳桿菌。
- Lactobacillus rhamnosus GG －簡稱LGG菌。正式名稱為鼠李糖乳桿菌GG株。是當前世界上研究最多的益生菌，也是首批被證實能夠在人體腸道存活並定殖的益生菌之一。可在血清中增加足夠的細胞間白素-10，降低引起局部性敏感免疫反應的細胞激素形成。能促進益菌生長、降低對乳品或食物的過敏、治療不明原因或急性腹瀉功能等。
- Lactobacillus salivarius －唾液乳桿菌。
雙歧桿菌屬
- Bifidobacterium bifidum －比菲德氏菌，簡稱B菌。幫助保持腸道酸性的環境，減少有害菌的繁殖；可能增強免疫力，降低膽固醇，改善便秘及調節腸道生理機能。
- Bifidobacterium infantis －嬰兒型比菲德氏菌。因為是被發現在嬰兒的腸道之中，故被稱為嬰兒型比菲德氏菌。能減緩人體免疫系統過度反應所導致的發炎性傷害。
- Bifidobacterium longum －長雙歧桿菌，又稱龍根菌。腸道內的益菌以長雙歧桿菌為主，也是真正的人體原生菌種。能有效調節Th2細胞免疫反應，降低過敏患者血中IgE含量，進而可能改善因花粉引起的過敏症狀，也可能改善抗生素及食物病原菌造成的腹瀉。
芽孢桿菌屬
- Bacillus coagulans －芽孢乳酸菌，舊稱Lactobacillus sporogenes 。可能改善因腸道菌群失調所引起的急、慢性腹瀉、慢性便秘、腹脹和消化不良等症狀。
梭菌屬
- Clostridium butyricum －丁酸梭菌，又稱酪酸梭菌、酪酸菌或宮入菌。防治慢性腹瀉、抗生素相關性腸炎、便秘或腹瀉便秘交替等症狀，調整腸道功能正常化。
- Saccharomyces boulardii －布拉酵母菌
一般研究
細胞培養
益生菌細胞株的生長溫度與pH值可能因菌種而異，以佔益生菌大多數的乳桿菌屬來說，其最適生長溫度和pH值分別為30-40°C(最佳溫度為37°C)和(pH)5.5-6.2(最佳pH值為6.0)。
菌株寄存
全球各地菌種中心為使其保存的菌株能維持活性存放多年，主要會以超低溫液氮保存(-130°C以下)或冷凍保存(-80°C以下)方式儲存細胞株，在極低的溫度之下，可終止細胞株的生理代謝活動，故可長期維持生命狀態。 會產生內生孢子(Endospore，又稱芽孢)的細菌株，最常見的是芽孢桿菌屬(Bacillus)和梭菌屬(Clostridium)，則對溫度具有較高的耐受性，因此可在室溫(25°C)環境下維持穩定活性。
菌粉原料製造
益生菌粉原料的製造流程，需先將細胞株進行發酵與生長，並透過離心將細胞與培養基分離後，將冷凍保護劑添加到分離完成的細胞中進行冷凍或以冷凍乾燥技術製成粉末，並於冷凍下儲存和運輸。
產品保存與運輸
以添加益生菌 （页面存档备份，存于互联网档案馆）的營養補充品來說，保存期限通常以年計，因此必須非常小心確保維持適當的活菌數，具體保存條件可參考業者所提出的標準說明。 益生菌置於常溫(室溫)環境比低溫環境易導致活菌數下降，建議以冷凍或冷藏的方式進行儲存與運輸為佳。
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外部链接
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