蛋白酶（英語：protease，proteinase）又称蛋白水解酶（proteolytic enzyme）、肽酶（peptidase），是生物體內的一類酶（酵素），它們能夠分解蛋白質。分解方法是打斷那些將氨基酸連結成多肽鏈的肽鍵。
蛋白酶是重要的工業酶，佔全球總酶銷售量約六成，其中七成用於工業用途的蛋白酶用於食品發酵等方面，例如酸性蛋白酶用於傳統發酵食品和調味品的生產及催化酪蛋白沈澱；中性蛋白酶因能夠去除水解產物的苦味而令醬油脫苦；鹼性蛋白酶應用於食品烘烤等方面，因為能夠有效提高生麵團的延性和韌性，並且增強麵包的起泡性。
分類
目前已知的蛋白酶可以分成以下六大類：
- 絲氨酸蛋白酶（Serine proteases）
- 苏氨酸蛋白酶（Threonine proteases）
- 半胱氨酸蛋白酶（Cysteine proteases）
- 天冬氨酸蛋白酶（Aspartic acid proteases）
- 金屬蛋白酶（Metalloproteases）
- 谷氨酸蛋白酶（Glutamic acid proteases）
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