脈衝場凝膠電泳(PFGE,Pulsed Field Gel Electrophoresis)是一種分離大分子DNA的方法。在普通的凝膠電泳中,大的DNA分子(>10kb)移動速度接近,很難分離形成足以區分的條帶。在脈衝場凝膠電泳中,電場不斷在兩種方向(有一定夾角,而不是相反的兩個方向)變動。DNA分子帶有負電荷,會朝正極移動。相對較小的分子在電場轉換後可以較快轉變移動方向,而較大的分子在凝膠中轉向較爲困難。因此小分子向前移動的速度比大分子快。脈衝場凝膠電泳可以用來分離大小從10kb到10Mb的DNA分子。