本頁面列出了病毒的分類，包含病毒以及類病毒、普利昂蛋白、卫星病毒等亞病毒因子。
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生物分類表 |
由於病毒並不像其他生物能藉由交配產生後代，因此在種別的定義上與一般生物有所不同。
概论
ICTV 分类法
國際病毒分類委員會（英文：International Committee on Taxonomy of Viruses，簡稱 ICTV）是国际微生物学联合会（英文：International Union of microgical Societies）发展、改进和维护通用病毒分类的唯一机构，在1966年建立起了一个病毒分类的通用系统和统一的命名法则。第七届 ICTV 会议首次规范化了病毒物种的概念，即病毒分类的分支层次中的最低分類單元。分類的主要依據是病毒顆粒的特性、抗原特性與生物特性。
到目前为止只有一小部分的病毒得到了研究，从来自人体的病毒样品中发现有20%的序列是未曾发现过的，而来自环境中（如海水、大洋沉积物等）的病毒样品则大部分的序列都是全新的。
病毒分类从域开始，结构如下，分类后缀在括号中：
- 域 Realm（-viria）
物种名称通常以[疾病]病毒的形式出现，尤其是高等动植物。 ICTV 2020版分类表中总共有6个域、10个界、17个门、2个亚门、39个纲、59个目、8个亚目、189个科、136个亚科、2224个属、70个亚属与9110个种。除亚域、亚界和亚纲外，其他级别的分类单元都被使用。共有6个域、1个地位未定纲、19个地位未定科及2个地位未定属被承认。
巴尔的摩分类法
巴尔的摩分类法是基于病毒 mRNA 的合成方式
诺贝尔奖获得者生物学家戴维·巴尔的摩在1970年代提出了巴尔的摩分类系统。巴尔的摩分类法与ICTV分类法一起用于现代病毒的分类。
巴尔的摩分类法是基于病毒 mRNA 的生成机制。在从病毒基因组到蛋白质的过程中，必须要生成mRNA来完成蛋白质合成和基因组的复制，但每一个病毒家族都采用不同的机制来完成这一过程。病毒基因组可以是单链或双链的 RNA 或 DNA，可以有也可以没有反转录酶。而且，单链RNA病毒可以是正义（+）或反义（-）。这一分类法将病毒分为7类：
- 第一类是双链 DNA 病毒（如腺病毒、疱疹病毒、痘病毒）
- 第二类是单链 DNA 病毒（+）DNA（如小 DNA 病毒）
- 第三类是双链RNA病毒（如呼腸孤病毒）
- 第四类是（+）单链RNA病毒（如微小核糖核酸病毒、披盖病毒）
- 第五类是（-）单链RNA病毒（如正黏液病毒、炮彈病毒）
- 第六类是单链RNA反转录病毒（如反转录病毒）
- 第七类是双链 DNA 反转录病毒（如肝病毒）
举一个病毒分类的例子：水痘病毒，即带状疱疹病毒，属于疱疹病毒目，疱疹病毒科，甲型疱疹病毒亚科，水疱病毒属；同时，带状疱疹病毒是巴尔的摩分类法中的第一类，因为它是双链 DNA 病毒，且不含有反转录酶。
ICTV 2020版病毒分类表
此套分類系统与细胞生物分类系统有许多共同特征，如分類單元结构，但也存在一些差异，比如所有分类名称都使用斜体，这与国际藻类、真菌和植物命名法及国际动物命名法不同。
- 齐利希病毒界 Zilligvirae 1门
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香港病毒界 Heunggongvirae 2门
- 衣壳病毒门 Peploviricota 1纲
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尾噬菌体门 Uroviricota 1纲
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有尾噬菌体纲 Caudoviricetes 1目
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有尾噬菌体目 Caudovirales 14科、1属
- 埃凯曼病毒科 Ackermannviridae 2亚科、7属
- 自复制短尾噬菌体科 Autographiviridae 9亚科、70属
- 蔡斯噬菌体科 Chaseviridae 2亚科
- 德默莱兹噬菌体科 Demerecviridae 3亚科、4属
- 德雷克斯勒噬菌体科 Drexlerviridae 4亚科、9属
- 格兰噬菌体科 Guelinviridae 1亚科、2属
- 代列尔噬菌体科 Herelleviridae 5亚科、7属、1种
- 肌尾噬菌体科 Myoviridae 5亚科、153属
- 短尾噬菌体科 Podoviridae 3亚科、44属、1种
- 朗特里噬菌体科 Rountreeviridae 2亚科、2属
- 萨拉玛噬菌体科 Salasmaviridae 3亚科、4属
- 斯基托噬菌体科 Schitoviridae 8亚科、14属
- 长尾噬菌体科 Siphoviridae 22亚科、299属
- 佐贝尔噬菌体科 Zobellviridae 1亚科、6属
- 百合病毒属 Lilyvirus 1种
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有尾噬菌体目 Caudovirales 14科、1属
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有尾噬菌体纲 Caudoviricetes 1目
包含4界
- 洛布病毒界 Loebvirae 1门
- 桑格病毒界 Sangervirae 1门
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称徳病毒界 Shotokuvirae 2门
- 科萨特病毒门 Cossaviricota 3纲
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单环编码病毒门 Cressdnaviricota 2纲：编码复制相关蛋白的环状单链 DNA 病毒（Circular replication-associated protein-encoding single-stranded DNA viruses，CRESS DNA viruses）
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精氨酸指针病毒纲 Arfiviricetes 5目
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硅藻病毒目 Baphyvirales 1科
- 硅藻 DNA 病毒科 Bacilladnaviridae 3属
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圆环病毒目 Cirlivirales 1科
- 圆环病毒科 Circoviridae 2属
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CRESS亚基因组目 Cremevirales 1科
- 小环状 DNA 病毒科 Smacoviridae 12属
- 多基因病毒目 Mulpavirales 2科
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圆形 CRESS 病毒目 Recrevirales 1科
- 圆形病毒科 Redondoviridae 1属
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硅藻病毒目 Baphyvirales 1科
- Rep 单链编码病毒纲 Repensiviricetes 1目
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精氨酸指针病毒纲 Arfiviricetes 5目
- 特拉帕尼病毒界 Trapavirae 1门
核糖病毒域 Riboviria
包含2界、2科、4属
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正 RNA 病毒界 Orthornavirae 5门、2科、1属
- 双链 RNA 病毒门 Duplornaviricota 3纲
- 黄色病毒门 Kitrinoviricota 4纲
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光滑裸露病毒门 Lenarviricota 4纲
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二十病毒纲 Amabiliviricetes 1目
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元素病毒目 Wolframvirales 1科
- 裸露 RNA 病毒科 Narnaviridae 1属
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元素病毒目 Wolframvirales 1科
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豪厄尔镇病毒纲 Howeltoviricetes 1目
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板栗疫病真菌病毒菌目 Cryppavirales 1科
- 线粒体病毒科 Mitoviridae 1属
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板栗疫病真菌病毒菌目 Cryppavirales 1科
- 光滑病毒纲 Leviviricetes 2目、9属
- 密病毒纲 Miaviricetes 1目
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二十病毒纲 Amabiliviricetes 1目
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負核糖病毒門 Negarnaviricota 2亚门
- 简单病毒亚门 Haploviricotina 4纲
- 复杂病毒亚门 Polyploviricotina 2纲
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小 RNA 病毒超群门 Pisuviricota 3纲
- 双链-小双节 RNA 病毒纲 Duplopiviricetes 1目
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小南嵌套病毒纲 Pisoniviricetes 3目
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網巢病毒目 Nidovirales（嵌套病毒目）8亚目
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深海病毒亚目 Abnidovirineae 1科
- 深海病毒科 Abyssoviridae 1亚科
- 亚目 Arnidovirineae 4科
- 動脈炎病毒科 Arteriviridae 6亚科
- 科 Cremegaviridae 1亚科
- 科 Gresnaviridae 1亚科
- 科 Olifoviridae 1亚科
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冠狀病毒亚目 Cornidovirineae 1科
- 冠狀病毒科 Coronaviridae 2亚科
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海洋病毒亚目 Mesnidovirineae 2科
- 科 Medioniviridae 2亚科
- 中等嵌套病毒科 Mesoniviridae 1亚科
- 亚目 Monidovirineae 1科
- 科 Mononiviridae 1亚科
- 亚目 Nanidovirineae 2科
- 科 Nanghoshaviridae 1亚科
- 科 Nanhypoviridae 1亚科
- 桿狀網巢病毒亚目 Ronidovirineae 2科
- 亚目 Tornidovirineae 1科
- 科 Tobaniviridae 4亚科
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深海病毒亚目 Abnidovirineae 1科
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微小核糖核酸病毒目 Picornavirales 8科
- 杯状病毒科 Caliciviridae 11属
- 双顺反子病毒科 Dicistroviridae 3属
- 傳染性軟腐病病毒科 Iflaviridae 1属
- 海洋 RNA 病毒科 Marnaviridae 7属
- 小核糖核酸病毒科 Picornaviridae 68属
- 多顺反子类小 RNA 病毒科 Polycipiviridae 3属
- 伴生豇豆病毒科 Secoviridae 1亚科、5属、1种
- 红火蚁病毒科 Solinviviridae 2属
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南方菜豆花叶病病毒目 Sobelivirales 3科
- 囊孢虫RNA病毒科 Alvernaviridae 1属
- 杯状 RNA 病毒科 Barnaviridae 1属
- 南方菜豆花叶一品红病毒科 Solemoviridae 4属、7种
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網巢病毒目 Nidovirales（嵌套病毒目）8亚目
- 星状-马铃薯病毒纲 Stelpaviricetes 2目
- 双 RNA 病毒科 Birnaviridae 7属
- 复制酶置换四体病毒科 Permutotetraviridae 1属
- 葡萄孢菌病毒属 Botybirnavirus 1种
- 副RNA病毒界 Pararnavirae 1门
- 多真菌病毒科 Polymycoviridae 1属
- 小节肢动物病毒科 Sarthroviridae 1属
- 烟草坏死卫星病毒属 Albetovirus 3种
- 绿萝卫星病毒属 Aumaivirus 1种
- 黍花叶卫星病毒属 Papanivirus 1种
- 烟草花叶卫星病毒属 Virtovirus 1种
核酶病毒域 Ribozyviria
- 三角病毒科 Kolmioviridae 8属
包含2界
- 班福病毒界 Bamfordvirae 2门
- 海尔维蒂病毒界 Helvetiavirae（瑞士病毒）1门
地位未定种类
地位未定纲:
- 纳尔达病毒纲 Naldaviricetes 1目、1科
地位未定科:
- 阿尔法卫星病毒科 Alphasatellitidae 3亚科
- 瓶状病毒科 Ampullaviridae 1属
- 指环病毒科 Anelloviridae 31属
- 鳄梨日斑类病毒科 Avsunviroidae 3属
- 双尾病毒科 Bicaudaviridae 1属
- 棒状病毒科 Clavaviridae 1属
- 芬兰湖病毒科 Finnlakeviridae 1属
- 微小纺锤形噬菌体科 Fuselloviridae 2属
- 球状病毒科 Globuloviridae 1属
- 滴狀病毒科 Guttaviridae 2属
- 嗜盐纺锤形噬菌体科 Halspiviridae 1属
- 卵形病毒科 Ovaliviridae 1属
- 芽生噬菌体科 Plasmaviridae 1属
- 多去氧核糖核酸病毒科 Polydnaviridae 2属
- 带球病毒科 Portogloboviridae 1属
- 马铃薯纺锤形块茎类病毒科 Pospiviroidae 5属
- 嗜热圈形病毒科 Spiraviridae 1属
- 奇古菌纺锤形噬菌体科 Thaspiviridae 1属
- 番茄曲叶卫星病毒科 Tolecusatellitidae 2属
地位未定属:
- 沟鞭藻 DNA 病毒属 Dinodnavirus 1种
- 壶菌病毒属 Rhizidiovirus 1种
亞病毒因子（Subviral Agents）
衛星（Satellites）
- 卫星病毒 Satellite virus
- 单链核糖核酸卫星病毒 Single-stranded RNA satellite virus
- 双链 DNA 卫星病毒 Double-stranded DNA satellite virus
- 未定属
- Satellite nucleic acid
- Single-stranded satellite DNA
- Double-stranded satellite RNA
- Single-stranded satellite RNA
- RNA satellite
- 未定属
類病毒（Viroids）
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Pospiviroidae
- Pospiviroid
- Hostuviroid
- Cocadviroid
- Apscaviroid
- Coleviroid
- 未定属
-
Avsunviroidae
- Avsunviroid
- Pelamoviroid
- Elaviroid
- 未定科
朊毒體（Prions）
- Mammal-prion
- Fungi-prion
干扰缺损病毒（Defective Interfering）
- 缺损干扰 RNA Defective Interfering RNA
- Defective interfering particle
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