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已测序真核生物基因组列表
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已测序真核生物基因组列表包括所有已知的,可以公开获取已组装、注释和发表的细胞核和细胞器基因组序列的真核生物;基因组草图不包括在内,只有细胞器序列的物种也不包括。
1977年,第一次出现DNA测序。1995年,细菌流感嗜血杆菌第一个完成了全基因组序列。1996年,酿酒酵母是第一个发布的真核生物基因组序列。1998年,发布了第一个多细胞真核生物基因组序列,秀丽隐杆线虫。
原生生物
以下是最早的5個完成基因組測序的原生生物。更完整的列表,請參閱已測序原生生物基因組列表。
植物
以下是最早的5个完成基因组测序的植物,更完整的列表,请参阅已测序植物基因组列表
物种学名 | 类型 | 意义 | 基因组大小 | 预测的基因数 | 完成机构 | 完成年份 |
---|---|---|---|---|---|---|
Arabidopsis thaliana 生态型:哥伦比亚 |
拟南芥 | 模式植物 | 119 Mb | 25,498, 27,400, 31,670 (UniProt) | Arabidopsis Genome Initiative | 2000 |
Cyanidioschyzon merolae Strain:10D |
红藻 | 单细胞真核生物 | 16.5 Mb | 5,331 | University of Tokyo, Rikkyo University, Saitama University and Kumamoto University | 2004 |
Oryza sativassp ssp indica |
大米 | Crop and model organism | 420 Mb | 32-50,000 | Beijing Genomics Institute、浙江大学、中国科学院 | 2002 |
Ostreococcus tauri | 绿藻 | 单细胞真核生物,基因组较小 | 12.6 Mb | 7,969 (UniProt) | Laboratoire Arago | 2006 |
Populus trichocarpa | Balsam poplar or Black Cottonwood | 固碳模式植物,商业木材and comparison to A. thaliana | 550 Mb | 45,555 | The International Poplar Genome Consortium | 2006 |
真菌
以下是最早的5个完成基因组测序的真菌,更完整的列表,请参阅已测序真菌基因组列表。
物种 | 纲 | 意义 | 基因组大小 | 预测基因数目 | 完成机构 | 完成年份 |
---|---|---|---|---|---|---|
釀酒酵母 Saccharomyces cerevisiae 品系:S288C |
酵母菌綱 | 用于酿造啤酒的酵母;常用的模式生物 | 12.1 Mb | 6,294 | 大规模国际合作项目 | 1996 |
家兔脑胞内原虫 Encephalitozoon cuniculi |
微孢子蟲纲 | 人类病原体 | 2.9 Mb | 1,997 | Genoscope和Université Blaise Pascal | 2001 |
粟酒裂殖酵母 Schizosaccharomyces pombe 品系:972h- |
裂殖酵母纲 | 模式生物 | 14 Mb | 4,824 | 桑格研究所和冷泉港實驗室 | 2002 |
粉色麵包黴菌 Neurospora crassa |
糞殼菌綱 | 模式生物 | 40 Mb | 10,082 | Broad Institute、俄勒岡健康與科學大學、肯塔基大学和堪萨斯大学 | 2003 |
黄孢原毛平革菌 Phanerochaete chrysosporium 品系:RP78 |
傘菌綱 | 木材腐朽真菌;常用于真菌修復 | 30Mb | 11,777 | Joint Genome Institute | 2004 |
动物
以下是最早的5个完成基因组测序的动物,更完整的列表,请参阅已测序动物基因组列表。
物种 | 类型 | 意义 | 基因组大小 | 预测的基因数目 | 完成机构 | 完成年份 |
---|---|---|---|---|---|---|
秀麗隱桿線蟲 Caenorhabditis elegans 品系:Bristol N2 |
线虫动物门 | 模式动物 | 100 Mb | 19,000 | 华盛顿大学和维康桑格研究所 | 1998 |
黑腹果蝇 Drosophila melanogaster |
果蝇 | 模式动物 | 165 Mb | 13,600 | 塞雷拉基因組公司、加利福尼亞大學柏克萊分校、貝勒醫學院、欧洲DGP | 2000 |
甘比亞瘧蚊 Anopheles gambiae 品系:PEST |
蚊子 | 疟疾的载体 | 278 Mb | 13,683 | 塞雷拉基因組公司和法国国家基因测序中心 | 2002 |
红鳍东方鲀 Takifugu rubripes |
四齒魨科 | 脊椎动物中的最小基因组 | 390 Mb | 22–29,000 | 国际河豚基因体协会 | 2002 |
智人 Homo sapiens |
哺乳动物 | 3.2 Gb | 18,826(CCDS估计) | 人类基因组计划委员会和塞雷拉基因組公司 | 草图:2001 完成:2006 |
参见
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参考资料
外部链接
- Diark - a resource for eukaryotic genome research (页面存档备份,存于互联网档案馆)
- EMBL-EBL Eukaryotic Genomes
- UCSC Genome Browser (页面存档备份,存于互联网档案馆)
- International Sequencing Consortium - Large-scale Sequencing Project Database (页面存档备份,存于互联网档案馆)
- Ensembl (页面存档备份,存于互联网档案馆) The Ensembl Genome Browser (includes draft and low coverage genomes)
- Fungal Genome Initiative (页面存档备份,存于互联网档案馆) (includes draft genomes)
- GOLD:Genomes OnLine Database v 3.0 (页面存档备份,存于互联网档案馆)
- SUPERFAMILY comparative genomics database (页面存档备份,存于互联网档案馆) Includes genomes of all completely sequenced eukaryotes, and sophisticated datamining plus visualisation tools for analysis
- Rat Genome Database (页面存档备份,存于互联网档案馆)